Вопрос: по какому КФО можно уплачивать штрафы и пени?

Ответ: применяемая методология бухгалтерского учета не содержит каких-либо ограничений по видам КФО, в рамках которых могут отражаться расчеты по начислению и уплате штрафов и пеней:

Содержание операции Дебет Кредит Обоснование
Перечислены штрафы и пени 0 303 05 831,

0 302 9Х 83Х

0 201 11 610 Пункты 73, 133 Инструкции N 174н
  Забалансовый счет 18 Пункт 367 Инструкции N 157н
В составе ЕНП перечислены штрафы и пени в бюджет 0 303 14 831 0 201 11 610 Пункт 133 Инструкции N 174н
  Забалансовый счет 18 Пункт 367 Инструкции N 157н

При этом в Классификаторе нарушений (рисков), утвержденном Казначейством России 19.12.2017  уплата штрафов и пеней за счет средств субсидий не рассматривается как нарушение.

Вместе с тем, субсидии бюджетным учреждениям предоставляют на основании соглашений, в которых указывают цели, условия, размер и сроки предоставления. Так в Классификаторе нарушений (рисков), утвержденном Казначейством России 19.12.2017  определено нарушение  — «Расходование средств субсидий на цели, не связанные с финансовым обеспечением выполнения государственного (муниципального) задания, на оплату товаров (работ, услуг), не предусмотренных соглашением о предоставлении субсидии» (код 02 06 01 03 03 06).

Использование бюджетным учреждением средств субсидии на выполнение государственного (муниципального) задания не в соответствии с условиями и целями ее предоставления, установленными Соглашением, может повлечь наступление ответственности для учреждения, определенной Соглашением, а также положениями статьи 15.14 КоАП РФ (Письма Минфина от 21.05.2020 N 02-09-07/42057, от 27.07.2018 N 02-09-06/53197).

Таким образом,  наиболее безопасно платить штрафы и пени по КФО 2. Штрафы и пени могут быть уплачены  по КФО 4, если это не противоречит заключенным соглашениям о предоставлении субсидии и расходы запланированы в ПФХД.