Вопрос: должен ли Покупатель (находится в Республике Беларусь) предоставлять нам заявление об уплате косвенных налогов с отметкой налогового органа за выполненные работы? Заявление на ввоз товара и уплате налогов Покупатель предоставил в первом квартале, оплата за выполненные работы поступила в третьем квартале. Стоимости отдельно товара и услуг/работ прописаны в рамках одного договора.

Ответ:
Заявление о ввозе товаров и уплате косвенных налогов оформляет и передает вам ваш контрагент — приобретатель товаров. На заявлении должна быть проставлена отметка его налогового органа об уплате им косвенных налогов либо о том, что ввоз товаров налогами не облагается (пп. 3 п. 4 Протокола о взимании косвенных налогов в рамках ЕАЭС, п. 6 Правил заполнения заявления о ввозе). Данная норма действует при реализации товара на территорию стран ЕАЭС.
В случае оказания услуг странам членам ЕАЭС необходимо руководствоваться  п. 28 Договора о Евразийском экономическом союзе» (Подписан в г. Астане 29.05.2014) (ред. от 24.03.2022). Если вы оказываете услуги заказчику из Белоруссии, то порядок уплаты НДС будет зависеть от того, какая страна признается местом реализации услуги.
Если место реализации услуг — Белоруссия, то в России НДС вы не платите. Налог уплачивается в Белоруссии в соответствии с законодательством этого государства (п. 28 Протокола о взимании косвенных налогов в рамках ЕАЭС). Скорее всего, налог удержит белорусский заказчик при оплате за услуги.